Am 2. August 1976 wurde die damalige Altstadtschule im Stadtzentrum Meppen eine "Freie Katholische Schule" in Trägerschaft des Bistums Osnabrück.

Von Anfang an wurde sie als Haupt- und Realschule geführt. Mit dem Schuljahr 1976/77 kam die Orientierungsstufe dazu.

Zunächst war diese Schule, die ihren Namen dem Papst Johannes XXIII verdankt, in den Gebäuden der ehemaligen Altstadtschule und im angrenzenden Konvikt untergebracht.1983 bezog die Johannesschule ihren heutigen Standort am Nagelshof, nachdem das dort beheimatete Lyzeum mit dem Maristengymnasium zum heutigen Gymnasium Marianum zusammengelegt worden war.

Die Johannesschule ist als staatlich anerkannte Ersatzschule Anmeldeschule für alle Schülerinnen und Schüler aus der Stadt Meppen und den umliegenden Orten.

In den nunmehr 32 Jahren ihres Bestehens hat unsere Schule sich zu einer Haupt- und Realschule entwickelt, (die OS wurde im Jahr 2004 wieder abgeschafft) die in der Bevölkerung sehr anerkannt ist. Die jährlichen Anmeldezahlen bestätigen das.

Zurzeit hat die Johannesschule 750 Schüler/Innen, die von 50 Lehrer/Innen unterrichtet werden. Ab dem Schuljahr 2008/09 wird die Johannesschule eine freiwillige Ganztagsschule.

Ab 2012 ist die Johannesschule eine Oberschule in Trägerschaft des Bistums Osnabrück.